L'histoire est centrée autour de Nyarlko, une divinité du mythe de Cthulhu qui peut prendre n'importe quelle apparence, mais surtout la forme d'une jeune fille aux cheveux argentés. Une nuit, Mahiro Yasaka, un étudiant normal du secondaire, va être pourchassé par des extraterrestres, jusqu'à ce que "Nyarlko" le sauve !